Repositori Pakej Pihak Ketiga
Ubuntu menjalankan repositori pakejnya sendiri yang penuh dengan perisian sumber terbuka (dan beberapa sumber tertutup) yang disusun dan dibungkus untuk Ubuntu. Walau bagaimanapun, sesiapa sahaja boleh menyediakan repositori pakej mereka sendiri.
Repositori pakej pihak ketiga selalunya ditambahkan pada sistem anda dengan lancar. Contohnya, apabila anda memasang Google Chrome atau Steam daripada fail.deb, fail.deb menambah repositori perisian Google atau Valve rasmi pada sistem anda. Apabila pakej dikemas kini dalam repositori, anda akan dimaklumkan tentang kemas kini dan boleh memasangnya melalui aplikasi Pengemaskinian Perisian. Tidak seperti pada Windows, kemas kini untuk semua perisian anda yang dipasang boleh diurus di satu tempat.
Anda boleh melihat repositori perisian anda dan menambah lagi (jika anda mengetahui butirannya) daripada aplikasi Sumber Perisian yang disertakan dengan Ubuntu.
Pengedaran Linux lain turut menyokong repositori pihak ketiga, tetapi repositori dan perisian yang terkandung di dalamnya adalah khusus pengedaran.

Arkib Pakej Peribadi (PPA)
PPA ialah satu lagi bentuk repositori pakej pihak ketiga. Ia dihoskan pada sistem Launchpad Canonical, di mana sesiapa sahaja boleh membuat PPA.
PPA selalunya mengandungi perisian percubaan yang belum ditambahkan secara rasmi pada repositori utama Ubuntu yang stabil. Ia juga mungkin mengandungi versi perisian yang lebih baharu yang belum dianggap cukup stabil untuk masuk ke repositori utama Ubuntu.
Sebagai contoh, Pasukan Wain Ubuntu menawarkan PPA dengan keluaran terkini perisian Wine untuk menjalankan aplikasi Windows pada Linux. Untuk menambahkannya, anda akan menambah baris berikut pada aplikasi Sumber Perisian di atas:
Setiap halaman PPA di tapak web Launchpad Canonical termasuk arahan untuk menambahkan PPA pada sistem anda. Setelah PPA ditambahkan pada sistem anda, anda boleh memasang pakej daripada PPA menggunakan perisian standard seperti Pusat Perisian Ubuntu, Pengemaskini Perisian dan alat baris arahan apt-get.

Menyusun Daripada Sumber
Semua perisian binari disusun daripada kod sumber. Pakej.deb Ubuntu mengandungi perisian yang disusun khusus untuk keluaran Ubuntu yang anda gunakan. Aplikasi ini disusun untuk menggunakan perpustakaan perisian yang tersedia untuk keluaran Ubuntu anda.
Pembangun perisian tertentu biasanya mengeluarkan perisian dalam bentuk kod sumber. Pengedaran Linux mengambil kod sumber, menyusunnya dan membuat pakej untuk anda. Walau bagaimanapun, anda juga boleh memuat turun kod sumber program dan menyusunnya sendiri. Anda biasanya tidak perlu melakukan ini di Ubuntu. Kebanyakan perisian percubaan yang anda mungkin mahukan mungkin terdapat dalam PPA, di mana seseorang telah melakukan kerja keras untuk anda.
Pada pengedaran lain, kadangkala anda perlu menyusun atur cara untuk mendapatkan versi terkini yang anda perlukan atau memasang program yang tidak tersedia dalam repositori anda. Walau bagaimanapun, pengguna Linux biasa - malah ramai pengguna Linux yang culun - tidak perlu menyusun sesuatu daripada sumber.
Fail kod sumber biasanya diedarkan dalam format.tar.gz, tetapi itu hanyalah jenis arkib - fail.tar.gz boleh mengandungi apa sahaja, sama seperti fail.zip boleh.

Program Binari
Sesetengah program diedarkan dalam bentuk binari, bukan bentuk kod sumber. Ini mungkin kerana program ini adalah sumber tertutup dan pengedar program tidak mahu bekerja keras membungkusnya untuk pelbagai pengedaran.
Sebagai contoh, Mozilla menawarkan muat turun Linux binari Firefox dalam.format tar.bz2. (.tar.bz2 hanyalah satu lagi format arkib, seperti fail zip.) Anda boleh memuat turun arkib ini, mengekstraknya ke folder pada komputer anda dan menjalankan skrip run-mozilla.sh di dalamnya (hanya klik dua kali) untuk menjalankan binari Firefox yang dimuat turun.
Walau bagaimanapun, anda tidak sepatutnya melakukan ini dalam kes Firefox. Gunakan pakej Firefox yang disertakan dengan sistem pengendalian anda - ia mungkin lebih baik dioptimumkan, lebih pantas dan akan dikemas kini melalui alatan pengurusan pakej standard anda. Namun, jika anda menggunakan pengedaran Linux yang lebih lama yang disertakan dengan Firefox yang sudah lapuk, anda boleh memuat turun binari Firefox ke komputer anda dan menjalankannya daripada direktori tanpa memerlukan sebarang kebenaran seluruh sistem untuk memasangnya.

Banyak perisian sumber tertutup (terutamanya perisian sumber tertutup yang lebih lama dan tidak disokong) diedarkan dalam bentuk binari yang tidak dibungkus. Perisian seperti port Linux Doom 3, Quake 4, Unreal Tournament 2004 dan Neverwinter Nights diedarkan dalam pakej binari dan juga mempunyai pemasang seperti Windows. Pemasang ini sebenarnya hanyalah program yang mengekstrak fail permainan ke folder dan membuat pintasan menu aplikasi.

Sudah tentu, terdapat cara lain untuk memasang perisian pada Ubuntu. Projek Zero Install (juga dikenali sebagai 0install) telah cuba menukar pemasangan perisian Linux selama lebih lima tahun, mewujudkan sistem untuk memasang perisian desktop yang berfungsi merentasi semua pengedaran Linux. Walau bagaimanapun, projek Pemasangan Sifar tidak mendapat banyak daya tarikan. Kebanyakan pengguna Linux dilayan dengan baik oleh pengurus pakej pengedaran Linux mereka - terutamanya jika mereka menggunakan Ubuntu, yang kebanyakan perisian dibungkus.